Tras la salida de su antecesor en el cargo, James F. Creagan, Almaguer tomó su puesto, entre otros de sus objetivos, también tenía la tarea de luchar contra el narcotráfico que pasaba de Honduras hacia Estados Unidos, para ello, solicitó al Congreso Nacional aprobar seis tratados internacionales para contrarrestar el terrorismo, narcotráfico y aprobar la ley de lavado de activos.
