En sus primeros años la virgen de Suyapa fue venerada en casa de la familia Colindres, fue a raíz del primer milagro a don José Zelaya y Midence que se construyó un recinto más adecuado a la Virgen de Suyapa con la ayuda de los habitantes de la aldea de Suyapa. El templo fue construido con adobe y piedra rosada de las canteras que abundaba en la aldea por aquella época, entre los años 1777 y 1780 donde hasta la actualidad es el hogar de la morenita.
Por su antigüedad La Ermita es de gran valor e importancia histórica para Honduras, pues en su interior se encuentra el retablo central de la Familia de Dios y el retablo de San José al lado izquierdo, ambos retablos son de la época colonial y han permanecido en la Ermita desde su construcción.
La Ermita ha pasado por algunas remodelaciones tanto para aumentar la capacidad de personas que ingresan como para darle un nuevo aspecto. Según relata el historiador Nelson Carrasco “la primera Ermita no tenía el mismo diseño que la actual, ya que la primera solo contaba con una sacristía, y fue alrededor de 1920 que se remodeló agregándole los campanarios y aumentando su tamaño”.