Además de su relevancia histórica y cultural, Copán Ruinas es también un ejemplo de cómo la naturaleza ha interactuado con la arqueología. El Río Copán, que rodea el sitio por el este, ha causado una erosión natural en la zona, creando un corte arqueológico único en el continente americano. Este fenómeno ha permitido a los investigadores obtener valiosa información sobre las diversas fases de construcción de la acrópolis, brindando un panorama completo de la evolución de la ciudad maya.